Yfirlit
Þessi forrit taka upp þar sem leikræn útgáfa af Heart no Kuni nei Alice lét af störfum. Í áframhaldandi leit sinni að hettuglasinu finnur Alice sig við sirkusinn sem leiðir fljótlega í fangelsið. Þar stendur hún frammi fyrir Joker sem sakar hana um að vera fangi. Mitt í ruglinu verður Alice að átta sig á því sem er mikilvægara fyrir hana, eftirsjá frá fortíð hennar eða núverandi lífi hennar með Hatter fjölskyldunni.