Empire of Britannia réðst inn í Japan með því að nota risastór vélmenni vopn sem kallast Knightmare Frames. Japan var fækkað á svæði 11, heimsveldis nýlendu, og íbúum þess var vísað til Elevens. Á þeim tíma hét Lelouch, ungur breskur drengur, sem var fluttur í útlegð til Japans, við japanska vinkonu sína Suzaku að hann myndi tortíma Britannia.
Árum síðar er Lelouch framhaldsskólanemi sem reglulega sleppir skólanum til að tefla og tefla. Þegar hann hrasar hryðjuverkasamtök Elevens sem eru handteknir af breskri verkstjórn eftir að hafa stolið herleyndarmáli, er Lelouch óvænt sameinaður Suzaku, sem starfar sem meðlimur breska hersins. Þegar restin af sérsveitinni er komið er Suzaku skotinn fyrir að óhlýðnast fyrirmælum en herleyndarmálið, ung stúlka, veitir Lelouch valdið til að láta einhvern hlýða fyrirmælum. Lelouch tekur yfirstjórn hryðjuverkamannanna og tekur upp aliasið „Zero“ og byrjar uppreisn sína til að mylja Britannia í eitt skipti fyrir öll. Stærsti vinur hans verður þó fljótlega einn áhyggjufyllsti óvinur hans þegar Suzaku verður flugmaður nýju tilraunalíkansins Knightmare, Lancelot.
Athugið: Söguþráðurinn er aðeins öðruvísi en anime.
