Í Tókýó, sem viðurkenndur er Shinto Teito árið 2020, er 19 ára Minato Sahashi mjög greindur, en vegna vanhæfni hans til að takast á við þrýsting hefur mistekist inntökupróf háskólans tvisvar.
Minato kynnist stúlku að nafni Musubi, sem fellur í raun til himna einn daginn. Minato kemst fljótt að því að hún er „Sekirei“ sem valdi hann sem „Ashikabi“ sinn, meðal dulræna hóps einstaklinga sem hafa erfðaeinkennið sem er fær um að skapa samning - með því að kyssa - við Sekirei. Þetta gerir þeim kleift að nota heildarafl sitt í flutningsátökum við aðra Sekirei og bindur Sekirei við hann. Samanstendur af 108 yndislegum stelpum, mikilli konu og bishen, Sekirei-bardaga í keppni sem kallast „Sekirei-áætlunin“ sem Hiroto Minaka, formaður og stofnandi hinnar dularfullu og öflugu MBI Corporation, stofnaði.
Minato lærir fljótt að það að vera maki konu er ekki allt skemmtilegt og leikir, sérstaklega þegar hann er valinn af nokkrum öðrum Sekirei, sem að auki mynda samning við hann, sem Ashikabi þeirra. Nú ætti Minato að uppgötva aðferð til að lifa af lífshættuleg átök Sekirei áætlunarinnar og mikil samkeppni félaga hans um hann.
Sekirei eru ofurknúnar verur sem nota annan kóða alveg eins og einstaklingur. Sekirei geimskipið hrapaði á jörðinni árið 1999 á Kamikura eyju og uppgötvaðust af tveimur nemendum, Hiroto Minaka (hugsanlegur MBI formaður) og Takami Sahashi (hugsanlegur aðalrannsakandi MBI og mamma Minato). Um borð höfðu parið uppgötvað 108 lífform, útskýrt sem „Ein stoðin og 107 barnfuglar“.
